مجموعه نسخههای خطی موزه دانشگاه خوارزمی گنجینهای از میراث مکتوب ایران و جهان اسلام است که بازتابی از سنت علمی، آموزشی و فرهنگی سدههای گذشته بهشمار میرود. این آثار شامل دستنوشتههایی در حوزههای علوم دینی، ادبیات فارسی و عربی و فلسفه است که با خطوط متنوعی چون نستعلیق، نسخ و ثلث کتابت شدهاند. این نسخههای خطی از منظر نسخه شناسی و مطالعات متن پژوهی اهمیت ویژهای دارند.